二等奖16项
| 序号 | 编号 | 项目名称 | 主要完成人 | 学校 |
| 1 | Z- 101-2-03 | 电磁材料结构多场耦合非线性力学行为的理论研究 | 郑晓静、周又和 | 兰州大学 |
| 2 | Z- 103-2-02 | 功能纳米材料的合成、结构、性能及其应用探索研究 | 李亚栋、王训、彭卿、孙晓明、李晓林 | 清华大学 |
| 3 | Z- 103-2-03 | 碳硼烷及其金属碳硼烷的合成、结构和反应 | 谢作伟 | 香港中文大学 |
| 4 | Z- 103-2-04 | 新型规则纳米孔材料的分子工程 | 裘式纶、朱广山、李晓天、张宗弢、方千荣 | 吉林大学 |
| 5 | Z- 104-2-03 | 生命与环境协调演化中的生物地质学研究 | 殷鸿福、谢树成、杨逢清、童金南、王永标 | 中国地质大学（武汉） |
| 6 | Z- 105-2-03 | 抗生素代谢工程的基础研究 | 邓子新、白林泉、周秀芬、孙宇辉、陈实 | 上海交通大学 |
| 7 | Z- 106-2-01 | 雌激素和三苯氧胺诱发妇科肿瘤的分子机制 | 尚永丰、张华、伍会健、尹娜、易霞 | 北京大学 |
| 8 | Z- 106-2-03 | 介导肝脏损伤与再生的天然免疫识别及其调控机制 | 田志刚、魏海明、孙汭、张建、郑晓东 | 中国科学技术大学 |
| 9 | Z- 107-2-01 | 鲁棒控制系统设计的参数化方法与应用 | 段广仁、关新平、刘国平、张焕水、高会军 | 哈尔滨工业大学 |
| 10 | Z- 107-2-02 | 国际通用 Hash 函数的破解 | 王小云、于红波 | 山东大学 |
| 11 | Z- 107-2-04 | 非经典计算的形式化模型与逻辑基础 | 应明生 | 清华大学 |
| 12 | Z- 107-2-05 | 混沌反控制与广义 Lorenz 系统族的理论及其应用 | 陈关荣、吕金虎、周天寿、 陆 君安 | 香港城市大学 |
| 13 | Z- 108-2-02 | 用于纳电子材料的碳纳米管控制生长、加工组装及器件基础 | 刘忠范、张锦、朱涛、吴忠云 | 北京大学 |
| 14 | Z- 109-2-01 | 电力大系统非线性控制学 | 卢强、梅生伟、孙元章、刘锋 | 清华大学 |
| 15 | Z- 109-2-02 | 煤的结构特征及其与反应性的关系和调变 | 谢克昌、李文英、冯杰、王宝俊、卢建军 | 太原理工大学 |
| 16 | Z- 109-2-03 | 热喷涂涂层形成机制、结构与性能表征的应用理论研究 | 李长久、王卫泽、李京龙、李文亚、王豫跃 | 西安交通大学 |
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