接国家自然科学基金委通知，2016年合肥工业大学有136个项目获得资助立项，总直接经费5662.7万元。合肥工业大学的平均资助率为26.3%，面上项目资助率为27.2%，青年项目资助率为31.1%。其中优秀青年科学基金项目获得2项资助，重点项目获得1项资助。

　　2016年各学科获得资助项目的情况为：数理科学部12项、化学科学部18项、生命科学部10项、地球科学部12项、工程与材料科学部49项、信息科学部18项、 管理科学部17项。

　　2016年获资助经费前5名的学院是：电气与自动化工程学院761万元、化学与化工学院561万元、资源与环境工程学院548万元、机械工程学院505万元、材料科学与工程学院478万元。

　　2016年资助项目数前5名的学院是：管理学院15项，化学与化工学院12项，电气与自动化工程学院、资源与环境工程学院、材料科学与工程学院、计算机与信息学院各11项。