2013年党的十八届三中全会召开后，清华和北大主动请缨，希望在国家深化教育领域综合改革中先行探索。方案内容涉及完善大学治理结构，在办学自主权、人才培养等各项政策上寻求突破。

　　2014年7月，国家教育体制改革领导小组第十一次会议原则同意清华、北大和上海市“两校一市”的综合改革方案，要求根据会议讨论情况进一步完善。

　　自从“两校一市”综改消息透露后，浙江大学、上海交通大学和中南大学等高校纷纷向有关部门请缨，部分高校还在第一时间递送了改革方案。

　　2014年10月31日，国家教育体制改革领导小组办公室下发关于同意《清华大学综合改革方案》备案的函，这标志着清华大学《综改方案》正式经国家批准，开始进入全面实施阶段。

　　2014年12月1日，国家教育体制改革领导小组办公室正式批准《北京大学综合改革方案》全面实施。这意味着，北大全面启动综合改革。

　　2014年12月30日，上海交通大学宣布，其综合改革方案得到国家教改办的批准，这标志着上海交通大学综合改革方案正式启动、全面实施。

　　2015年8月，习近平主持召开中央全面深化改革领导小组第十五次会议，通过推进建设世界一流大学方案。会议强调推动一批高水平大学和学科进入世界一流行列或前列，提升我国高等教育综合实力和国际竞争力，培养一流人才，产出一流成果。

　　2015年11月5日，中国政府网全文公布《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》，提出要推动一批高水平大学和学科进入世界一流行列或前列，2016年开始新一轮建设。