克隆鉴定了多个在生产中具有重要应用前景的功能基因，并阐明其对作物性状影响的分子机理及其调控规律，精细定位和筛选了多个优良性状基因，为现代分子育种提供理论基础和技术支持，有助于高效、多抗、优质、高产的新品种培育。

　　分离克隆了包括控制穗粒数、抽穗期、株高的多效性基因Ghd7、籼粳广亲和基因S5、水稻成花转换的分子开关基因RID1、抗逆新基因OsBZIP23和OsSKIP1、抗病基因GH3-8 等有重要应用前景和理论研究价值的基因，并完成了基因的功能鉴定工作。克隆并功能验证了GIF1基因，结果表明GIF1控制光合产物在胚乳中的卸载，从而控制灌浆过程。分子遗传分析表明GIF1是一个驯化的基因，并且位于产量的QTL区域，野生稻的GIF1位点降低灌浆性能与千粒重，适当过表达GIF1可以显著增加千粒重，提高产量。以上结果在国际顶级刊物Nature Genetics(影响因子25.5分)上发表3篇高水平论文，在影响因子9分以上的PNAS、Plant Cell杂志发表7篇高水平论文。

　　克隆和分析了大豆广适应性基因GmCRY1a。阐明了大豆品种纬度分布差异的分子机制，证明了是GmCRY1a基因的表达差异决定了大豆品种的纬度分布，结果发表在美国科学院院报PNAS上。这一结果为培育大豆广适应性品种提供了理论基础。

　　在家蚕基因组精细图和全基因组芯片表达数据基础上，鉴定了多个具有家蚕特色的多基因家族，并分析了其相应的功能，这些结果为进一步阐明家蚕以及鳞翅目昆虫的抗逆性等的分子机制奠定了重要基础，相关文章发表在《Insect Biochemistry and Molecular Biology》的“家蚕基因组特刊”上。同时还精细定位了一批家蚕形态突变基因，如家蚕附肢发育相关基因Ekp-1。

　　此外，从水稻、玉米、小麦等农作物中分离克隆了一批调控抗旱、抗盐、氮磷营养高效、抗病虫、产量、品质、生长发育等性状的具有自主知识产权的重要功能新基因及调控因子，并初步开展或完成了功能鉴定的工作，为下一步改良动植物产量、质量、抗性等农艺性状提供了丰富的基因资源。