新发传染病不仅严重危害人类健康，而且引起社会恐慌、影响经济发展、威胁国家安全。本项目针对传染源、传播途径、易感人群和媒介生物基本环节，构建起新发传染病综合防控技术体系：针对新发传染病的现实危害，在新病原体的确认和新自然疫源地的发现方面取得突破；应对新发传染病疫情，开发出具有自主知识产权的药物防治和应急处置技术和产品；着眼新发传染病未来威胁，构建了国家战略层面的传染病侦察预警平台。该项目的成果在抗击SARS、阻击禽流感、应对甲型H1N1流感，以及汶川震后卫生防疫、北京奥运会、上海世博会等重大活动保障、国际维和以及海地地震救援中均发挥了重要作用。