1999年

　　1月，CERNET再次降低分担通信运行费用。国际入流量每千字节降为0.005元。

　　同月，CERNET主干网升级到2M以上速率。

　　2月，第二次CERNET地区网络主结点建设工作会议在北京召开。

　　4月，“CERNET主干网升级工程”基本完成，项目要求的卫星线路全部开通，覆盖了包括西藏拉萨在内的18个省会城市。

　　5月，CERNET正式参加国际下一代互联网6REN。

　　6月，中共中央国务院发表“关于深化教育改革全面推进素质教育的决定”，在第15条中指出：“大力提高教育技术手段的现代化水平和教育信息化程度，国家支持建设以中国教育科研网和卫星视频系统为基础的现代远程教育网络，加强经济实用型终端平台系统和校园网络或局域网络的建设，充分利用现有资源和各种音像手段，继续搞好多样化的电化教育和计算机辅助教学，在高中阶段的学校和有条件的初中，小学普及计算机操作和信息技术教育，使教育科研网进入全部高等学校和骨干中等职业学校，逐步进入中小学，采取有效措施，大力开发优秀的教育教学软件，运用现代远程教育网络为社会成员提供终身学习的机会，为农村和边远地区提供适合当地需要的教育。”

　　同月，CERNET北京地区网开通155M高速通信线路。

　　同月，“教育部全国教育信息化工作座谈会”在北京召开。

　　8月，在全国高等学校招生工作中，六个省、市的二百余所高校使用“全国高校招生系统”在CERNET上进行网络招生获得成功。

　　同月，CERNET管委会召开新闻发布会，宣布从7月1日起，再次降低CERNET分担通信运行费用。国际入流量每千字节降为0.0025元。

　　9月，CERNET网络紧急响应组开始正式提供服务。服务网络地址为：http://www.ccert.net.edu.cn。

　　同月，“面向二十一世纪教育振兴行动计划-现代远程教育工程：中国教育和科研计算机网CERNET高速主干网建设项目可行性报告”通过专家论证。

　　同月，北京到广州、北京到武汉的155M高速通信试验线路开通。

　　同月，CERNET正式参加亚太先进网络组织APAN。

　　11月，在广州召开了CERNET第六届学术年会，全国近300所高校500多位代表参加会议。

　　12月，国家教育部正式批准“面向二十一世纪教育振兴行动计划-现代远程教育工程：中国教育和科研计算机网CERNET高速主干网建设项目可行性报告”。

　　12月，“中国教育和科研计算机网CERNET建设五周年总结汇报会暨高级网络技术研讨会”在北京召开，会议的主题是“国运兴衰系于教育，网络发展连接未来”。

　　12月，CERNET联网的教育和科研机构已经超过550个，覆盖中国大陆80多个城市，包括所有的省会城市，联网用户达到200万人。