教育经费投入总量不足。
各级教育分配不合理。
教育经费使用效率低。
投入教育经费的保障性政策及规定未予落实。
教育经费投入总量不足
1990年至1998年大陆教育经费虽逐年成长，但所占国民生产总额的百分比仍低於世界平均数。并且，因为教育投入的增加幅度少於国民生产总额增加幅度，致使国家财政性教育经费支出占国民生产总额比例反年年下降（详见附表）。教育支出自1990年占GDP的3.1％到1998年2.5％，呈现缓慢的下降趋势，可见大陆在急速发展经济的同时，并未同步积极发展教育，长久以往，当产业由劳力密集转换为知识经济产业时，将可能遭遇人才不足的窘境而阻碍经济的发展。
各级教育分配不合理
世界多数国家的教育经费分配结构，是一种宝塔型。从各国教育投资分配的历史来看，分配各级教育经费的一般规律是：在初、中等教育尚未普及时，优先保证初、中等教育的投资，在初、中等教育普及时，才增加高等教育的投资（吴德刚着，中国教育改革发展报告，中共中央党校出版社，1999.10，页59）。中共目前初、中等教育尚未普及，理应保障对初、中等教育的投资。但大陆为求部分明星高等院校的发展，投注庞大经费至高等教育领域，造成经费错置的情形，无法提升全民素质。更严重的问题在於，大陆官方挹注庞大教育资源扶植公立明星学校，忽视其他高等院校的发展，致使高中学生无不极尽能事，只为顺利进入明星高校。因此，作弊的现象在每年高考中数见不鲜。此外，每年高中生因为考不上理想高校而自杀的消息亦时有所闻（摘自Hugo Restall，Asia Wallstreet Journal，1999.7.27，p.8）。
教育经费使用效率低
大陆教育经费存在两种浪费情形，一种是直接的浪费，如教育设施、器材、设备利用率过低，学校分布多，规模小、教师与学生比例小，工作负荷量小等。另一种是间接的浪费，如留级率高、辍学率高、超龄生多、按时毕业率低等（吴德刚着，中国教育改革发展报告，中共中央党校出版社，1999.10，页60-61）。上述现象尤以偏远地区的初、中等教育为严重。针对直接浪费，大陆近年已透过例如合并学校、合作办学之方式纾解。但是，间接浪费中如超龄生多、高辍学率等现象常肇因於中共教育投入不足，使得家境清寒学生无法负担学费所致；而间接浪费情形又造成有限教育资源的重复支出，如此便形成教育经费浪费的恶性循环（李文鹏，「重读、辍学现象与教育投资效应」，教育与经济，页55）。
投入教育经费的保障性政策及规定未予落实
中共自改革开放以来颁布了保障教育经费投入的政策，甚至以法律明文保障，但并未确实执行。例如中共中央及「国务院」於1993年印发的「中国教育改革发展纲要」中关於逐年提高国家财政性教育经费占国民生产总值的比例，到20世纪末要达到4％的规定，至今仍相距甚远，从1990年以来，比例便一直徘徊在2.5%左右。另外，「教育法」所规定的「叁个增长」（各级人民政府教育财政拨款的增长应当高於财政经常性收入的增长、在校学生人数平均的教育费用逐年增长、在校学生人数平均的公用费用逐年成长），1996、1997两年大陆有3分之2的省（自治区、直辖市）并没有达到「叁个增长」的目标（参考1998、1999中国教育年）。除显见其依法行政的精神不足外，也显示中共教育投资上所面临「心有馀而力不足」的状况。
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