日本高等教育的历史，可以追溯到130年前建立的东京大学。与此同时，在民间也出现了设置高等教育机构的动向。以早稻田大学为代表的私立大学就是在这样的背景下诞生的。但是，在战前高等教育的入学率还是相当低，高等教育学龄人口中接受高等教育的人口的比率甚至连10%也不到。战后，随着民主化改革的推进，高等教育也发生了巨大的变化。60年代，日本进入了高速经济成长期。个人的大学入学需求急剧扩大。针对这种情况，政府一方面扩大现存私立大学的招生规模，另一方面大幅加快了对新私立大学设置的认可。其结果使70年代中期的18岁人口中四年制大学入学者所占比率，从50年代的10%左右提高到30%左右的水准。90年代再次出现上升，目前已达到40%。如果把短期大学、专修学校等一些短期高等教育机构也包含进去，高等教育学龄人口中大约70%的人已进入大学，接受着高等教育。从这个意义上，我们可以认为日本的高等教育已在相当短的时间内实现“大众化”，并且进入了人人皆可入学的高等教育普及化阶段。
日本高教的结构性问题
急速的高等教育大众化、普及化，导致了日本高等教育的一系列结构性问题。
一是高等教育的经费负担问题。国立大学接受了政府的大量资金投入，而私立大学却基本上依靠私费负担来维持学校的运营。这种经费负担方式不仅引发了私立大学在教育环境上的各种问题，也导致国立大学与私立大学在经费负担上出现很大的差距。
二是大学教育理念的问题。日本大学教育理念形成于战前，认为教师对真理的孜孜不倦的追求态度，会潜移默化地对学生产生影响，大学对学生的学术追求也不进行过度的干涉。在这种教育理念中，大学中的学子应该是从同龄人中选拔出来的佼佼者。但在战后高等教育大众化中，这种情况已发生改变，但大学仍固守原来的教育理念，结果就导致了大学教育的空洞化。
三是在战后高等教育快速扩大的过程中，高等教育一直供不应求，政府对高等教育的支出也保持着一定幅度的连年增长。在这种状况下，大学没有受到过生死存亡的挑战，大学管理者也没有接受真正的考验。
1990年底以后，随着经济结构调整的加快，高等教育的问题再次引起了人们的重视。首先是世界经济全球化和知识社会化的影响。日本经济是靠制造业来支撑的。但是这种制造企业的经营模式，已经无法适应当今以IT产业为中心的产业结构转换。日本企业过去利用其独特的在职岗位培训制度培训员工，企业的技术改造也是依靠自身完成。然而到了今天，无论在人才培养方面，还是在新产业的创建方面，人们都把目光投向了高等教育。其次是来源于政府财政状况的恶化和来自于经济结构改革的压力。在OECD加盟国中，日本政府对高等教育的投入资金，在GDP中所占的比例是相当低的。第三是人口结构的变化和个人行为、价值观的变化。随着学龄人口的减少，成年人对教育需求的扩大，社会结构变化对学生学习积极性的影响等，高等教育将采取什么样的应变措施，已成为日本高等教育改革的一个重要课题。
日本的高等教育改革
面对来自社会各方面的压力，日本政府陆续出台了一系列高等教育改革对策，归纳起来有以下三点。
一是所谓的高等教育“法人化”改革。日本政府已经决定在2004年将现有的国立大学改为“国立大学法人”。通过“法人化”改革的实施，国立大学在拥有人员组织方面的决定权的同时，大学的教职工将失去以往的国家公务员的地位。在财政方面，各个国立大学必须依靠学费等自我收入来维持学校的正常运营。同时，大学的财务管理将改变以往的模式，而采用企业会计制度。
二是为了维护和提高大学教育质量而推行的一系列改革。日本大学有自我评估的系统。2000年日本政府又设置了第三者评估机构，以弥补其在自我评估中的不足。这个所谓的“大学评估和学位授予机构”目前的专职人员已超过200人，可谓世界上最大的大学评估机构。目前该机构的评估对象仅限于国立大学。为了保证包括私立大学在内的大学教育的水平，日本政府还准备尝试资格认定的方案。同时，为了提高大学的研究水准，日本政府准备在10个学术领域选出30所重点大学，在今后的5年里，政府将对这些大学实行特别的财政支持。
三是促进高等教育结构性变化的改革。日本政府已采取了一系列的改革政策，将高等教育的重心，由以高中毕业生为教育对象的本科教育阶段，上升到以培养高层次学术研究人员为目的的传统研究生院，或者是开展职业技术人才培训，训练“职业研究生”。目前，以培养专业法律人才为目的的“职业研究生院”，正成为改革政策的焦点。
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