党的十六大将“三个代表”重要思想明确作为党的指导思想，将实施“科教兴国”战略正式写入党章，深得党心民心。坚定不移地贯彻“科教兴国”战略，就是对“三个代表”重要思想最直接的体现。“与时俱进”则是落实“三个代表”的必然要求。“与时俱进”就必须不断“创新”，“创新”的根本目的是为了“发展”。
回顾13年来教育部直属高校的改革与发展，可以用“历史跨越”几个字来概括：
江泽民同志先后对北大、清华、人大、北师大师生作了4次重要讲话。这一系列讲话从中华民族伟大复兴的历史使命出发，代表党的第三代领导集体对新时期中国高等教育的发展方向、办学目标和当前任务作了全面、深刻、精辟的阐述，提出了创建世界一流大学的目标，论述了知识创新、教育创新的理念，强调了哲学社会科学的重要性，向全国青年学子和教师提出了殷切希望，形成了党领导新时期高教事业的系统理论，已经并将继续成为高校蓬勃发展的指导思想、前进动力和行动指南。
中央决策和部署了高教管理体制改革和布局结构调整，在教育部党组的精心操作下，一批各行业部门的领头学校归入教育部管理，直属高校的数量、类型和学科结构发生了重大变化。成批的工科、农林、财经、政法、艺术高校特别是医科高校的加入，为多学科的交叉融合，为高层次人才的培养，为提高知识与科技的原始创新、自主创新能力创造了更加有利的条件，大幅度提升了办学效益和综合实力。目前，71所直属高校仅占全国1348所全日制普通高校的5.3%，而在校博士生占70%，重点学科数占70%，国家重点实验室占90%，两院院士占75%，研究生院数占80%。直属高校作为“国家队”，正在中国高教事业的发展中起着带头和示范作用。
中央批准教育部的《面向21世纪教育振兴行动计划》后，教育部党组适时启动“985工程”，相对集中财力，加大投入力度，包括各省市政府的配套投入在内达219.7亿元，使一批学校和学科加快了向世界一流大学和高水平大学迈进的步伐。其效果集中表现在汇聚拔尖人才，提升办学条件，加快校园建设，使教育教学、课程教材、科研体制、人事制度与激励机制以及后勤社会化等项改革全面走向深入，为区域经济和社会发展服务的能力大大增强。
“九五”“211工程”顺利通过验收，64个项目学校总体高水平、高质量超额完成建设任务。一批重点学科的科研装备水平明显提高，校园信息网络和图书文献资料等公共服务体系更加健全，教学实验条件和基础设施普遍改善。学科建设作为龙头和主线，带动了这批学校的全面发展，为迎接新世纪挑战打下了坚实基础。
党的十六大总结历史，规划未来，对社会主义现代化建设第三步战略目标中的教育、科技、文化工作做了全面部署。直属高校肩负重任，也面临进一步发展的机遇：科教兴国已成为全民族的共识，全社会对教育倾注的热情空前高涨；在高等教育大众化的方针指引下，高校有着广阔的发展空间；加入WTO使我国教育科技文化的国际交流与合作有了更直接有效的渠道；成批的留学人员回国服务，大批待培养人才出国深造，局部已形成了世界范围内的人才流动；投入的增加及投资渠道的拓宽，使学科、队伍结构逐步改善；各项校内改革使学校运转更加灵便，应对社会变化的能力增强；各项激励政策和措施使一线教学科研人员的积极性得到极大发挥。可以肯定地说，直属高校能担当起教育创新的主力军，科技创新的强大生力军，国家创新体系中的重要方面军的重任。
当前，直属高校应当深入贯彻十六大精神，认真实践“三个代表”重要思想，按照国家全面建设小康社会对政治、经济、教育、科技、文化的综合战略需求，抓紧制订和完善学校在新时期的战略发展规划，按照部党组提出的“巩固、深化、提高、发展”的八字方针，以发展为主线，研究新思路，开拓新局面，推出新举措，实现新突破，在规划办学、示范提高、改革攻坚、创新发展等各方面都起到带动作用，为中国高等教育在新世纪的腾飞作出新贡献。
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